El municipio de Nueno se extiende sobre 147 km² entre los somontanos del valle del Ebro y las Sierras Exteriores Prepirenaicas, esta situación le confiere una gran diversidad a todos los niveles. A nivel geológico comprende desde los materiales más recientes del Mioceno como conglomerados, areniscas y arcillas, resultado de la erosión del Pirineo que forman las llanuras del valle del Ebro, a los materiales más antiguos como los yesos del Triásico sobre los que se arma toda la estructura de las calizas y margas de origen marino que forman las sierras.

El relieve crea una gran diferencia altitudinal entre los 610 metros  del Castillo de Nisano y los 2077 de la cumbre de Guara, máxima altitud del Prepirineo. Estas diferencias de altitud y el efecto de barrera de la sierra en relación a los frentes de nubes que proviene del Cantábrico, crean una notable variación del clima general, que es de tipo continental con influencia mediterránea, frío en invierno y caluroso y seco en verano en las zonas bajas y llanas, mientras que en las zonas altas y de umbría es mucho más frío y húmedo.

Donde mejor se notan las diferencias climáticas es en la vegetación, y así pasamos según ascendemos en altitud de carrascales con la presencia de algunas plantas de origen norteafricano, a quejigares; y al cambiar de orientación pasando a la umbría, bosques de tipo atlánticos como pinares musgosos, hayedos, y abetales. Ya en las zonas más altas pinares de pino negro y por encima de ellos aparecen plantas alpinas y árticas.

Una característica de gran parte del territorio, que ha favorecido tanto la diversidad como sobre todo el buen estado de conservación, es la inaccesibilidad de gran parte del mismo como consecuencia de un relieve abrupto y la ausencia de carreteras.